일반 야생 포켓몬과의 배틀 이외에 야생 보스 포켓몬, 일반 트레이너, 라이벌, 체육관 관장, 사천왕, 챔피언, 악의 조직과의 배틀, 그리고 미스터리 조우가 존재한다.융합체 해제시 기존 능력치가 절반이 되는 디버프가 존재한다. 그렇기에 초반융합체를 해제시키고 쓸어담는 플레이는 불가능하다.능력치가 바뀌는 반전 챌린지도 일반 클래식과는 밸런스와 공략법이 상당히 다르다. 능력치만 변경되고 자력기 및 기술머신으로 배우는 기술 등은 그대로라 몇몇 포켓몬들은 일반 클래식보다 훨씬 좋을 수도 있고 그렇지 않을 수도 있